學校創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。
學校建有江寧校區、五臺校區以及康達學院連云港校區；設有19個學院（包含康達學院），開設25個本科專業；擁有25所附屬醫院和50多所教學醫院；擁有一級學科博士點8個、二級學科博士點54個、4個交叉學科博士點；一級學科碩士點11個；博士后科研流動站6個；有在職教職工1800多人，學生總數為1.8萬多人。