1、范圍不同。獨立學院是學院的一種。
學院可以作為獨立的學校，同時很多大學也擁有自己下屬的二級學院（與系相同）或普通高等學校與國家機構以外的社會組織或者個人合作設置的獨立學院。
2、獨立性不同。獨立學院有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學歷證書，獨立進行財務核算，應具有獨立法人資格，能獨立承擔民事責任。而一般大學的二級學院則是依附于大學。
3、性質不同。
獨立學院是民辦學院，利用非國家財政性經費舉辦的實施本科學歷教育的高等學校，因而獨立學院學費是公立大學的三到四倍。
學院作為一般本科院校時，國家財政會給予相當大的經費支持，所以學費也會相對便宜。
國家規定，申請者要對獨立學院的教學和管理負責，并保證辦學質量；合作者要負責提供獨立學院辦學所需的各項條件和設施，參與學院的管理、監督和領導。
獨立學院應具有獨立的法人資格，獨立的校園校舍，獨立進行教學和財產管理，獨立招生和頒發畢業證書。由于獨立學院屬于本科層次，所以由教育部負責審批。
凡未經教育部審批的，國家均不承認其學歷。獨立學院在特定情況下有時也被稱為“獨立二級學院”，它與公辦大學內部各下屬的二級學院有區別。
獨立學院的招生是通過學院辦學所在的省市，根據參加全國高考統一招生的招生錄取的。獨立學院的畢業生將獲得國家承認的學歷證書。對學習期滿且成績合格的學生，發給獨立學院的畢業證書；符合學位授予條件的，授予獨立學院的學士學位證書。
獨立學院與大學內部下屬二級學院的重要區別還在于其部分獨立性。
獨立學院有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學歷證書，獨立進行財務核算，應具有獨立法人資格，能獨立承擔民事責任。
獨立學院還按國家有關教育事業統計工作的規定，獨立填報《高等教育基層統計報表》。
獨立學院與大學內部下屬二級學院的區別還在于其部分的民辦性。獨立學院由于其獨立性，其經費來源不是來自國家撥款，而是由學院的舉辦方通過各種方式籌集得到，在經費、學費和其他一些相關的管理上也都是參照民辦大學的方式進行管理。
獨立學院正逐漸成為當前和今后一個時期內，中國高等教育發展的重要組成部分。