2003年商丘財稅學(xué)校、商丘市工業(yè)學(xué)校、商丘商業(yè)學(xué)校、商丘市體育運動學(xué)校、商丘文化藝術(shù)學(xué)校并入商丘職業(yè)技術(shù)學(xué)院；2007年10月學(xué)院被教育部、財政部批準(zhǔn)為“國家示范性高等職業(yè)院校”立項建設(shè)單位。2017年，學(xué)院入選河南省國家級優(yōu)質(zhì)高等職業(yè)院校建設(shè)項目。
2019年1月，由我院張慎舉教授作為主要完成人、我院作為第二完成單位的科研成果《高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)小麥新品種鄭麥7698的選育與應(yīng)用》（編號：J-201-2-05）獲得了2018年度國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎。