東南大學醫學院位于風景秀麗的南京市玄武湖畔，高校群集的市中心。醫學院前身為創建于1935年的中央大學醫學院，其后又歷經南京大學醫學院、中國人民解放軍第五軍醫大學、南京鐵道醫學院等重要時期。
2012年，該院獲批為全國第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校，承擔了拔尖創新醫學人才培養模式改革試點和五年制臨床醫學人才培養模式改革試點兩個項目。
東南大學醫學院設有兩個系，基礎醫學系設有生物工程學、病原生物學與免疫學、遺傳學與發育生物學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、人體結構學與神經科學、生理學與藥理學等專業；臨床醫學系設有內科學、外科學、婦產科學、兒科學、護理學、醫學檢驗學、醫學影像學、神經精神病學，腫瘤學、重癥醫學等臨專業；數十個教研室。